Окружной фонд обязательного медицинского страхования Ненецкого автономного округа создан 17 июня 1993 года (решение Малого Совета Ненецкого окружного совета народных депутатов № 99 от 17.06.93 г.).

Фонд действует на основании Положения об Окружном фонде обязательного медицинского страхования, утвержденным решением Собрания депутатов ненецкого автономного округа от 09.03.1995 г. № 95. Исполнительным директором Окружного Фонда обязательного медицинского страхования Ненецкого АО назначен Меринов Алексей Александрович в соответствии с распоряжением Главы Администрации Ненецкого автономного округа от 26 октября 2010 года №41-р/к.

В соответствии с постановлением Администрации Ненецкого автономного округа от 13 декабря 2011 г. №288-п "Окружной фонд обязательного медицинского страхования Ненецкого автономного округа" переименован в "Территориальный фонд обязательного медицинского страхования Ненецкого автономного округа".

Штатная численность ТФОМС Ненецкого автономного округа - 18.