1. Руководство:
1.1. Директор;
1.2. Первый заместитель директора;
1.3. Заместитель директора;
1.4. Заместитель директора;
1.5. Заместитель директора – главный бухгалтер.
2. Управление по обязательному медицинскому страхованию и мониторингу медицинской профилактики:
2.1. Отдел по организации обязательного медицинского страхования;
2.2. Отдел мониторинга медицинской профилактики и диспансеризации.
3. Финансово-экономическое управление:
3.1. Отдел финансирования системы обязательного медицинского страхования;
3.2. Экономический отдел;
3.3. Бюджетный отдел.
4. Управление формирования финансовых средств и статистической отчетности в системе обязательного медицинского страхования;
4.1. Отдел планирования территориальной программы обязательного медицинского страхования и тарифов;
4.2. Отдел учета и контроля доходов системы обязательного медицинского страхования;
4.3. Отдел статистики и анализа.
5. Контрольно-ревизионное управление:
5.1. Отдел ревизий и проверок;
5.2. Ревизионно-аналитический отдел.
6. Управление бухгалтерского учета и отчетности:
6.1. Отдел бухгалтерского учета и отчетности;
6.2. Отдел по исполнению бюджета.
7. Управление защиты прав застрахованных граждан и организации межтерриториальных взаиморасчетов:
7.1. Отдел защиты прав застрахованных граждан и контроля качества медицинской помощи;
7.2. Отдел организации межтерриториальных взаиморасчетов.
8. Управление информационного обеспечения:
8.1. Отдел информационно-технического обеспечения;
8.2. Отдел защиты информации;
9. Управление делами, организационного и кадрового обеспечения:
9.1. Хозяйственный отдел;
9.2. Транспортный отдел;
9.3. Отдел организационного и кадрового обеспечения.
10. Отдел правового обеспечения.
11. Отдел по размещению государственных заказов на нужды системы обязательного медицинского страхования.
12. Отдел по взаимодействию с участниками и субъектами обязательного медицинского страхования.